历史
古代
下关江面建设码头的历史最早可以上溯至东晋在老虎山一带建立的军用码头白石步。时至南宋有长江六渡之一的龙湾渡为交通漕运往来之所。而现代的轮渡运输则是迟至清末宣统二年(1910年)随津浦铁路贯通由浦口市场局于民间筹资开办，航线由下关至浦口，称关浦线。
民国
民国2年，津浦铁路局成立轮埠事务所，接管轮渡，轮渡事业转入国营。
为保障孙中山先生奉安大典的顺利进行，国民政府决定在下关江边建设码头以迎接先生灵柩。码头于1928年8月8日竣工，并被定名为津浦铁路首都码头。奉安大典举行后，为纪念孙中山先生，灵柩所到之处均被冠以中山之名，如中山门、中山桥、中山路等，灵柩登入的下关码头亦被定名为中山码头并沿用至今。
现时中山码头候船大厅内有大幅宣传版面，结合大量图片资料详细介绍了这段史实。
现代
码头对面的大唐南京下关发电厂红楼，1949年4月23日中国人民解放军渡过长江佔领南京，渡江部队即是在中山码头一带登入，由挹江门进入南京城。此后中山码头与邻近的挹江门、下关电厂等成为纪念渡江战役的重要场所，更有市民建议把渡江战役纪念馆建在中山码头。
随着南京经济的复甦，作为当时渡江的唯一通道，中山码头运输较为繁忙。高峰期日航约150班次。1968年，南京长江大桥建成通车，轮渡的过江需求极大缓解，中山码头的客流量也迅速下降。特别是随着2004年南京北站(即浦口火车站)再次停运，轮渡过江需求进一步减少。
2013年南京中山码头1 2013年南京中山码头2事记
以下内容主要参考原下关区地方志编委员会编写的下关区志:
1929年5月28日，孙中山先生灵柩到达下关江边码头(即今中山码头)，由挹江门进入南京城内。
1936年3月15日，中山码头正式命名，附属候船室及公车站啓用。
1967年1月3日，文革武斗引发南京交通中断，下关中山码头轮渡停开。
1992年5月9日，中山码头新候船室啓用。
2008年6月3日，南京长江大桥因南引桥桥孔火灾变形实行交通管製，中山码头高峰运转疏导过江客流。
航线
中山码头常年开行至浦口码头的宁浦线轮渡，早5:00-晚23:00每20分锺一班，日均开行104航次(往返)，年运输旅客1000万人次以上。宁浦线轮渡航程约15分锺，单程票价2元，而使用南京金陵通公交卡可享受1元票价优惠。由于南京长江大桥能力已趋饱和，而中山码头运输能力长期闲置，有江苏省政协委员建议进一步降低轮渡票价甚至免费运输，以缓解大桥交通压力。
交通
中山码头附近交通发达，邻近南京西站、长江南京港，同时也是多路南京公交的始发站，包括10、31、34、54、302、150、307、172等线路。
