谈判结果
经过双方反复辩论，最后在天津山西会馆签订了《中日修好条规》18条，通商章程33条。条约规定:两国既经通好，自必互相关切。所有沿海各通商口岸，彼此君应指定处所，準听商民来往贸易。两国所属邦土，亦各以礼相待，不可稍有侵越。两国政事禁令，各有异同，其政事应听己国自主，彼此均不得代谋干预，强请开办。两国均可派秉权大臣，并携带眷属随员，驻扎京师。等。这些规定体现了平等互利，互不干涉内政的原则。
整体上说，《中日修好条规》是一个基本上平等的条约，它的签定标志着中日关系进入到一个新的时期。
条约影响
《中日修好条规》签订后，日本获得了与中国比肩同等的地位，为开启朝鲜大门创造了极为有利的条件。同时，借换约之机，日本探知中国与朝鲜的宗藩关系的实际内容:中国对于朝鲜，虽与册封与正朔，然其内治与和战，皆朝鲜自主，与中国无关。朝鲜只要循守册封、贡献例行之礼节，此外更与国政无关。日本政府乘隙而入，1876年2月，迫使朝鲜签订《江华岛条约》(日本语:日朝修好条规 假名:にっちょうしゅうこうじょうき朝鲜语:조일수호조약)率先开启朝鲜的大门，否定了朝鲜对清朝的宗藩关系。
日本刚开始明治维新，对外要开疆拓土，海上向南扩张的目标就是琉球和台湾省。《中日修好条规》只是日本侵略中国的一个幌子。
条约内容
第一条 嗣后大清国、大日本国被敦和谊，与天壤无穷。即两国所属邦土，亦各以礼相待，不可稍有侵越，俾获永久安全。
第二条 两国既经通好，自必互相关切。若他国偶有不公及轻藐之事，一经知照，必须彼此相助，或从中善为调处，以敦友谊。
第三条 两国政事禁令，各有异同，其政事应听己国自主，彼此均不得代谋干预，强请开办。其禁令亦应互相为助，各饬商民，不準诱惑土人稍有违犯。
第四条 两国均可派秉权大臣，并携带眷属随员，驻扎京师。或住长行居，或随时往来，经过内地各处，所有费用均系自备。其租赁地基房屋作为大臣等公馆，并行李往来及专差送文等事，均须妥为照料。
第五条 两国官员虽有定品，授职各异。如彼此执掌相等，会晤移文，均用平行之礼。职卑者与上官相见，则行客礼。遇有公务，则照会执掌相等之官转申，无须径达。如相拜会，则各用官位名帖。凡两国派员初到任所，须将印文送验，以杜假冒。
第六条 嗣后两国往来公文，中国用汉文，日本国用日本文，须副以译汉文，或只用汉文，亦从其便。
第七条 两国既经通好，所有沿海各口岸，彼此均应指定处所，準听商民来往贸易，并另立通商章程，以便两国商民永远遵守。
第八条 两国指定各口，彼此均可设理事官，约束己国商民。凡交涉财产词讼案件，皆归审理，各按己国律例核办。两国商民彼此互相控诉，俱用稟呈。理事官应先为劝息，使不成讼。如或不能，则照会地方官会同公平讯段。其窃盗逋欠等案，两国地方官只能查拿追办，不能代偿。
第九条 两国指定各口倘未设理事官，其贸易人民均归地方官约束照管。如犯罪名，準一面查拿，一面将案情知照附近各口理事官，按律科断。
第十条 两国官商在指定各口，均準僱佣在地民人服役工作，管理贸易等事，其僱主应随时约束，勿任借端欺人，犹不可偏听私言，致令生事。如有犯案，準由各地方官查拿讯办，僱主不得徇私。
第十一条 两国商民在指定各口，彼此往来，各宜友爱，不得携带刀械，违者议罚，刀械入官。并须各安本分。无论居住久暂，均听己国理事官管辖。不準改换衣冠，入籍考试，致滋冒混。
第十二条 此国人民因犯此国法禁，隐匿彼国公署商船行堆，及潜逃彼国各处者，一经此国官查明照会彼国官，即应设法查拿，不得徇纵。其拿获解送时，沿途给予衣食，不可凌虐。
第十三条 两国人民如有在指定口岸，勾结强徒为盗为匪，或潜入内地，防火杀人抢劫者，其在各口由地方官一面自行严捕，一面将案情飞知理事官，倘敢用凶器拒捕，均準格杀勿论。惟须将致杀情迹会同理事官查验。如事发内地不及查验者，即由地方官将实在情由照会理事官查照。其拿获到案者，在各口由地方官会同理事官审办。在内地即由地方官自行审办，将案情照会理事官查照。倘此国人民在彼国聚众滋扰，数在十人以外，及诱结通谋彼国人民作害地方情事，应听彼国官径行查拿。其在各口者知照理事官会审，其在内地者，由地方官审实，照会理事官查照，均在刑事地方正法。
第十四条 两国兵船往来指定各口，系为保护己国商民起见。凡沿海未经指定口岸，以及内地河湖支港，概不準驶入，违者截留议罚，惟因遭风避险收口者，不在此例。
第十五条 嗣后两国倘有与别国用兵事情事，应防各口岸，一经不知，便应暂停贸易及船只出入，免致误有伤损，其平时日本人在中国指定口岸及附近洋面，中国人在日本指定口岸及附近洋面，均不準与不和之国互相争斗抢劫。
第十六条 两国理事官均不得兼作贸易，亦不準兼摄无约各国理事。如办事不和众心，确有实据，彼此均可行文知照秉权大臣，查明撤回，免因一人偾事，致伤两国友谊。
第十七条 两国船只旗号，各有定式，倘彼国船只假冒此国旗号，私作不法情事，货船均罚入官，如查系官为发给，即行参撤。至两国书籍，彼此如愿诵习，应準互相採买。
第十八条 两国议定条规，均系预为防範，俾免欧生嫌隙，以尽讲信修好之道。为此两国钦差全权大臣先行画押盖印，用昭凭信，俟两国御笔批準互换后，即刊刻通行各处，使彼此官民鹹知遵守，永以为好。
同治十年辛未七月二十九日
明治四年七月二十九日
领事裁判权
中国在日本真正获得的领事裁判权，是在1871年《清日修好条规》签订以后。1870年，日本外务大臣柳原前光鑒于中日两国之间因没有条约，给两国人民商业往来造成很大不便，于是前往北京，向清政府提出缔结修好条约。然而清政府因为深受不平等条约之苦，对订约理由比较敏感，以只要双方互存信赖，则无缔约之必要为理由予以拒绝。
而时任两江总督的曾国藩和直隶总督的李鸿章则力主修约，在曾、李二人的积极推动下，1871年9月，中日双方在天津签订了以中方提出的文本为基础的《清日修好条规》。条规共十八条，如规定两国指定各口，彼此均可设理事官(即领事)，约束己国商民，凡交涉财产词讼案件，皆归审理，各按己国律例核办。就这样，两个饱受西方列强领事裁判权侮辱的亚洲国家，互相承认了在对方国的领事裁判权。
以1872年到1886年，中日两国相继在对方境内设立领事馆。清王朝在日本的领事馆建立以后，各地有华侨户籍的日本官府都陆续将华侨户籍移交给中国领事，华侨登记户籍时所收取的牌籍费，也由各华侨公所或会馆收取后上缴一半给领事馆充当办公费用，而不再交给地方官府。户籍的移交，即意味着对华侨的管理权也一并移交，也就是说对华侨的司法裁判权，也一并移交到中国领事的手中。在日中国人触犯律令或发生纠纷不再受日本法律的製裁，而由驻日领事根据清朝法律定罪。
但清朝领事的裁判权，不只限于大清国民，也可以及于日本人。1879年，两名日本人因与华人发生诉讼，被清国驻神户兼大阪领事刘寿铿拘押，日本兵库县知事特为此事照会刘寿铿，要求释放。至于中国领事因审案传讯日本人，更是常有的事。华侨与日本人之间有关债务、租赁房屋等方面的纠纷，往往也由清国领事进行判决。由于拥有司法审判权，中国领事馆在人员配备及建筑上不得不体现出多种职能。在神户兼大阪领事馆三名师爷中，就有一名刑名师爷，十一名人员编製中，有两名是巡捕。中国领事馆甚至还有自己的巡捕房。如神户兼大阪领事馆曾拥有了三间总共达72平方米的拘留所。
根据《清日修好条规》，日本没有直接对犯罪的中国人判决的权力，在逮捕和搜查方面的权力也大受限製。1878年，日本外务大臣井上指示神奈川县(横滨所在县):除非目睹中国人吸食鸦片，否则不许进入中国人的住宅。逮捕中国人也只限于发现其可能逃逸时，在一般情况下必须通知清国领事，由领事逮捕。1880年4月，日本方面逮捕了利用三菱邮船玄海号走私鸦片的中国人王氏、郑氏，随后即将引渡给中国领事。1881年4月，居住在横滨居留地的中国人徐发，也因走私鸦片被日本引渡给中国领事。1888年，居住在横滨居留地的中国人高炳、伍泽等与日本人私设赌场，聚众赌博，神奈川县政府逮捕了参与其案的日本人，而中国人高炳等则领事裁判权妨碍日本警察执行公务。中国领事罗嘉杰随后将高炳等逮捕，将其遣送回国，并令其永远不能来日。
尽管按照条约规定，大清与日本相互之间的领事裁判权是对等的，但在实际操作中，清王朝佔据了上风。因为清王朝尽管在与列强的战斗中连遭失败，但在中日甲午战争之前，在世人眼中，尤其是在日本人眼中，清朝还是一个一等国。1878年中国第一任驻日公使何如璋到达日本之后，很多日本上层分子都以与之交往为荣。另外，中国领事依然抱着传统的观念，将日本看成是蕞(音最)尔小国，把自己当成天朝上国，经常在对日交往中显得很强硬，以而在不知不觉中扩大了自己的领事裁判权。例如1880年10月，为整饬秩序，打击嫖娼，日本政府宣布不论国籍，只要有卖春嫌疑，即可由日本巡查入室搜捕。日本向各国驻横滨领事征求意见，各国均表示赞同，唯独清国领事範锡朋拒不接受，提出对中国人的巡查只能由中国人进行，日本政府无权干涉。对此，日方也无可奈何，此事只能作罢。
中日甲午战争后1895年的《马关条约》规定:中日两国间所有的约章已因甲午战争而废除，双方应派代表协商通商行船条约，新定约章应以中国与欧美各国现行约章为本。也就是说，1871年赋予中国侨民在日领事裁判权的《清日修好条规》也被废除。
日本想得到的，是欧美各国在中国的地位，也就是单方面而不是对等的领事裁判权。1896年7月，中日《通商行船条约》签订，其中第三款有关清国领事权力的内容规定:除管辖在日本之中国人民及财产归日本衙署外，各领事等官应得权力及优例，悉照通例。第二十款有关日本领事权力的内容规定:日本在中国之人民及其所有财产物件，当归日本妥派官吏管辖。凡日本人控告日本人或被外国人控告，均归日本妥派官吏讯断，与中国无涉。第二十二款规定:凡日本臣民被控在中国犯法，归日本官员审理。可见，在这个协定中，中国领事在日本的裁判权被完全剥夺，而日本领事在中国的裁判权反而扩大，具体的体现就日本领事的权力开始及于在中国的外国人。由此，清王朝在日本的领事裁判权寿终正寝。
