1590年石田三成成为城主(注:年份可能有异)，开始进行大规模的增筑，建立了一座五层天守的城堡。曾被人一言石田三成提及两样重要的事物，一是岛左近，另一是佐和山城。但是三成长时间逗留伏见城。
关原之战西军败战后，第二天以小早川秀秋为主力的部队对城池进行攻击。在城主三成不在作出猛烈防守。战胜利，东军以为是一座非常豪华的城堡，然而城池没有作出任何的修饰。
此后，德川家康派遣了井伊直政成为城主，可惜领本对于三成的善政仍然无法忘记，为此，直政着手準备筑起新的城池，名为彦根城。但是1602年死前，仍然未有任何计画。直政次男直孝，开始利用佐和山城的筑材建造彦根城。废城的年份为1606年，现今只剩下部份的土垒，土垒于2001年发现。
