后阳成天皇在位期间
处在丰臣秀吉政权与江户幕府的初期，两个政权在对待天皇的态度有很大的不同。秀吉由于出身卑微，需要建立权威以及拥有太合与关白的地位，因此对天皇极为尊敬礼遇，致力于恢复朝廷的威信，甚至盛大的遵古礼举办了一次聚乐第行幸，队伍行列就有上千人，天皇在还幸时，还奉送黄金与金银珠宝。
但是到了江户幕府时，德川家康被任命为征夷大将军，幕府对朝廷的态度转为强势干涉，就连官位的任命权掌握在幕府手上，唯一得到改善的是，朝廷的财政状况不再像战国时代一样贫乏。但只比一个最低级的大名(三万石)好一点而已。朝廷一样财政不济。
后阳成天皇于庆长十六年(1611年)籍幕府干涉朝廷处分女官(官女)与公卿私通的处分为由。让位给第三皇子政仁亲王，不过其实原本他是想让位给他自己的弟弟八条宫智仁亲王，但由于八条宫曾为丰臣秀吉的养子，此时丰臣氏未被消灭，故未能成事。据说父子两人为此开始长期的不和。1617年过世，葬于深草北陵。
后阳成这謚号
是取自是平安时代阳成天皇的謚号，当时阳成天皇被迫退位，是藤原氏强迫所致，而且还要被强迫让位给自己父亲的叔叔光孝天皇(时年五十五)。以此讽刺德川氏为藤原氏。
