政治生涯
1990年时继前台南市长苏南成，委派为最后一任的官派高雄市长，于1994年的第一届民选高雄市长选举，击败民主进步党提名的张俊雄，而且大胜十五万票。
中国国民党副主席兼1998年在角逐连任高雄市长时，以4600余票之差败给民主进步党提名的谢长廷。双方竞选过程中极力抹黑对手，当时民进党籍高雄市议员陈春生掀起一场"外遇录音带风波"(而后陈春生加入国民党)，吴阵营于选前数天发放白冰冰"不是人录影带"，内容指责为白晓燕命案凶嫌陈进兴辩护的谢长廷不是人，作为回击，但利用职务广发市内中国小校，对学生的负面影响即遭到联合抨击。
2007年1月初，时任中国国民党主席的马英九自2006年12月25日卸任台北市市长专任党主席后，表示要确切党内改革，实际上亦要求国民党原秘书长詹春柏为2006年"直辖市"市长暨市议员选举中高雄市长败选负责，撤换一级党务人员，由吴敦义出线担任国民党秘书长，亦首开党籍"立法委员"出任中央党部秘书长首例。
2009年9月7日，由于刘兆玄行政团队总辞，马英九任命吴敦义接任"行政院长"，桃园县长朱立伦为"副院长"。9月10日，台湾省新"内阁"宣誓就职，吴敦义走马上任。2009年9月台湾省新任行政院长吴敦义找陈帅佛算命,在港台引起轩然大波。
国民党主席马英九与副主席吴敦义2009年9月7日，台当局"总统府"发言人王郁琦召开记者会表示，马英九已任命中国国民党秘书长吴敦义为台当局"行政院长"，桃源县长朱立伦为"副院长"。
2009年9月10日，换人比率高达1/3的台湾省新"内阁"，在新任"行政院长"吴敦义与"副院长"朱立伦带领下，宣誓就职。据台湾省TVBS报道，上午"内阁"总辞，下午1点半"总统府"内举行宣誓就职典礼，"行政院长"、"副院长"、政务首长和"总统府"秘书长一字排开，一一唱名。
2014年12月1日，台湾省地区副领导人吴敦义12月1日上午也正式向党主席马英九请辞副主席一职。
2015年1月17日举行的新一任中国国民党主席选举之后，吴敦义不再担任国民党副主席。
2016年1月，国民党“大选”失败后，朱立伦请辞党主席，目前党内群龙无首，各方关切接下来的党主席选举谁出马。吴敦义等国民党大佬也有意参选。
担任职务
1981至1989年连任第9、10届南投县长。
1986年当选"中华民国"十大杰出青年。
1988年7月当选国民党第13届中央委员。
1989年12月任国民党台北市党部主任委员。
1990年6月出任高雄市官派市长。
1993年8月当选第14届中央委员、中常委。
1994年12月当选第1届高雄民选市长，1997年8月当选第15届中央委员、中常委。
1998年1月被聘为国际佛光山"中华总会"顾问。
1998年12月竞选连任高雄市长失败。
1999年3月被聘为"国家统一委员会"第6届委员。
1999年5月~2000年5月获聘为"领导人府资政"。
2000年7月任"救国团南投县团委会主任"。
2001年7月获聘为国民党第16届中央评议委员、中央评议委员主席团主席。
2001年12月当选为南投县第五届区域"立法委员"。
2004年12月当选为南投县第六届区域"立法委员"。
2006至2009年担任国民党秘书长。
2008年1月当选为南投县第七届区域"立法委员"。
2009年9月7日，吴敦义为台湾省当局行政院院长。2009年9月10日吴敦义率台湾省新内阁宣誓就职并辞去"立法委员"职位。
政治主张:主张"大陆不武、台湾省不独"，认为"不论统一或独立，都不是当前应该实行的事情，而是一个长远的问题，有待将来解决。"
2011年6月19日，台湾省地区领导人马英九宣布吴敦义为2012参选副手。
2012年1月14日，领导人选举结果揭晓，中国国民党候选人马英九、吴敦义搭档以过半得票率当选。
主要作品
书籍
普鲁士精神之崛起
自由、民主、法治之路
草根下的声音
家庭成员
父:吴奚，曾任台湾省光复后南投县第1届农会干事、第1届县议员，"2.28事件"受难者。
妻:蔡令怡，曾任"中华妇女联合会"高雄分会理事长。育有2子2女。
长子:吴子廉现为吴敦义"国会"助理，媳曾淳芬为会计师;次子吴子文;女吴子安，女婿林泰成为医师。
相关事件
参选副领导人
2012年1月14日，马英九搭档时任"行政院长"吴敦义，参选第十三任台湾省地区正副领导人的宝座。最终，"马吴配"以789万票，高票当选。2012年2月1日，吴敦义卸任台湾省当局"行政院长"一职，由时任"副院长"的陈沖担任。
2012年5月20日，马英九与吴敦义宣誓就职，成为第13任领导人与副领导人。
会见李克强
2012年4月1日上午，出席博鳌亚洲论坛2012年年会的台湾省两岸共同市场基金会代表团名誉团长吴敦义会见了中共中央政治局常委李克强，表示同胞相见，朋友相识，都是令人愉悦的事。
吴敦义表示，两岸关系走上了和平稳定发展的正确道路，台湾省局势摆脱了动蕩，两岸在"九二共识"基础上的协商迄今达成16项协定，两岸经济在全球经济不景气的情势下实现了稳步发展。两岸关系和平发展的局面值得共同珍惜和巩固。他对这次会见双方就加快ECFA后续协商、建立两岸货币清算机製等一系列合作事项达成一致感到高兴，期望双方秉持求同存异、两岸和平、讲信修睦、民生优先的理念，进一步扩大交流，务实协商，加强合作，为两岸人民谋福祉，为中华民族谋繁荣，为炎黄子孙开盛世。
暗讽大陆
2013年11月，吴敦义在台"侨务委员会议"致词表示，给予台湾省免签的国家高达134个，"但我不好意思讲，有一个国家很大很大，但免签只有20个"。台下有"侨务委员"回响说"中国"，现场不少人鼓掌表示认同，吴敦义则说，"大家都知道，但我不好意思说"。
吴敦义称，台湾省没恐怖分子、没造成当地国困扰，也没成帮结派、非法打工问题，影响当地秩序。另外，两岸把过去沖突对撞模式，改为和平发展，而侨界的好表现，让国面板光客愿意到台湾省，也有更多国家愿意给台湾省免签证。
