1912年，任崇仁县教育会会长兼振坤女子学校校长。1914年，考入江西省澄清吏治研究所，奉派为26个县的吏治调查员。到进贤县密查私访时，当场查获县知事吸食鸦片。该知事贿送银圆400元，祈求包涵，彭当即拒绝，并赋诗一首：“多谢明公一片心，交友何必赠黄金，应知我是贞操者，决不食利染泥尘。”随即焚毁菸具烟料，并上报查办。1915年春，考取候用县知事，在武昌候缺时，奉湖北省督临时委派，到夏口厅（今武汉市）监焚英商价值银圆200余万元的鸦片烟2100余箱。英商企图以银圆4万元贿通夏口厅长，以假换真，但被彭祖寿严词拒绝，并当众焚毁。
彭祖寿为人爽直刚毅，勤奋好学，工诗善文，尤对古典文学较有研究。他喜爱梅花，曾作对联曰：“百鍊此身成铁汉，一生知己是梅花。”“布衣常自足，多金复何为。”晚年致力于国学研究，并联络本县爱好国学之士，于1923年创办国学研究社，自任社长，共同研究国学经史，潜心写作。着有《读史随笔》、《鄂中宦游录》、《觉芸轩笺》等遗稿，惜被毁。
