概要
为了完成《文部科学省设定法》第3条所规定的目标，文部科学省负责促进国家的教育、科学技术、学术、文化以及非残疾人体育运动（残疾人体育运动由厚生劳动省管辖）的发展和振兴。2001年（平成13年）1月6日，随着中央省厅再编，负责学术・教育・学校等事务的原文部省与负责促进科学技术行政的原总理府分支机构的原科学技术厅合併为新的文部科学省。
该省办公地点在东京都中央契约厅舍第7号馆东馆（2004年（平成16年）1月至2008年（平成20年）1月期间，因办公楼重建，临时迁至丸之内的原三菱重工大楼办公。目前该大楼是瑞穗金融集团总部）。
沿革
明治4年7月18日（1871年9月2日）：文部省设立。
1950年（昭和25年）8月29日：作为文部省外局之一，文化财保护委员会设立。
1956年（昭和31年）5月19日：科学技术厅设立。
1968年（昭和43年）6月15日：文化财保护委员会撤销，设立文部省外局的文化厅。
2001年（平成13年）1月6日：随着中央省厅再编，文部省与科学技术厅合併成文部科学省。
组织机构
文部科学省的内部组织机构由法律层面的《文部科学省设定法》和政令层面的《文部科学省组织令》以及省令层面的《文部科学省组织规则》等多个层次的法律规定予以规範。
主要官员
文部科学大臣（法律第2条第2项）
文部科学副大臣（国家行政组织法第16条）（2名）
文部科学大臣政务官（国家行政组织法第17条）（2名）
文部科学事务次官（国家行政组织法第18条）
文部科学审议官（法律第5条）（2名）
内部部局
大臣官房（政令第2条第1项） - 人事课（政令第16条第1项），总务课，会计课，政策课，国际课，文教设施规划部（政令第2条第2项）
文教设施规划部 - 设施规划课（政令第16条第2项），设施助成课，计画课，参事官
终身学习政策局- 政策课（政令第26条），调查规划课，终身学习推进课，社会教育课，男女共同参与学习课，参事官
初等中等教育局- 初等中等教育规划课（政令第33条），财务课，教育课程课，儿童学生课，幼儿教育课，特别支援教育课，国际教育课，教科书课，教职员课，参事官
高等教育局- 高等教育规划课（政令第44条第1项），大学振兴课，专门教育课，医学教育课，学生、留学生课，国立大学法人支援课，私学部（政令第2条第2项）
私学部 - 私学行政课（政令第44条第2项），私学助成课，参事官
科学技术、学术政策局- 政策课（政令第54条），规划评价课，人材政策课，研究开发基础课，产业连动、地域支援课，计画官，国际交流官
研究振兴局- 振兴规划课（政令第61条），基础研究振兴课，学术机关课，学术研究助成课，生命科学课
研究开发局- 开发规划课（政令第70条），地震、防灾研究课，海洋地球课，环境能源课，宇宙开发利用课，原子能课，参事官（2人）
体育、青少年局– 体育、青少年规划课（政令第78条），体育振兴课，竞技体育课，学校健康教育课，青少年课，参事官（2人）
国际总括官
审议会等
科学技术・学术审议会（法律第6条第1项）
宇宙开发委员会
国立大学法人评价委员会（国立大学法人法、法律第6条第2项）
放射线审议会（关于放射线伤害预防的技术标準的法律、法律第6条第2项）
独立行政法人评价委员会（独立行政法人通则法、法律第6条第2项）
中央教育审议会（政令第85条）
教科书审查调查审议会
大学设定・学校法人审议会
设施等机关
国立教育政策研究所（政令第89条第1项）
科学技术政策研究所（政令第89条第2项）
特别机构
日本学士院（法律第21条第1项）
地震调查研究推进本部（地震防灾对策特别措施法、法律第21条第2项）
日本教科文组织国内委员会（关于联合国教科文组织活动的法律、法律第21条第2项）
地方分部局
文部科学省的地方支分部局只限于原子能事务所，仅有水户原子能事务所一处。文科省并没有其他省厅的“○○地方～局”的各地分支机构。之前在各地为了支付大学和地方教育委员会的设施等补助金而设立的“○○地方工程事务所”也随着国立大学法人化而撤销。其理由在于补助金支付的事务由总部可以完成，地区的教育行政完全由地方教育委员会负责。
水户原子能事务所（政令第92条第1项）
外局
文化厅（国家行政组织法、法律第26条） - 长官官房（政令第94条）、文化部、文化财部、文化审议会（法律第29条第1项）、宗教法人审议会（法律第29条第2项）、日本艺术院（法律第32条）
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管理的法人组织
2012年4月1日，文部科学省主管的独立行政法人包括：国立特别支援教育综合研究所、大学入学考试中心、国立青少年教育振兴机构、国立女性教育会馆、国立科学博物馆、物质・材料研究机构、防灾科学技术研究所、放射线医学综合研究所、国立美术馆、国立文化财机构、教员研修中心、科学技术振兴机构、日本学术振兴会、理化学研究所、宇宙航空研究开发机构、日本体育振兴中心、日本艺术文化振兴会、日本学生支援机构、海洋研究开发机构、国立高等专业学校机构、大学评价・学位授与机构、国立大学财务・经营中心以及日本原子能研究开发机构、量子科学技术研究开发机构等总计24个法人。此外，文科省还主管全国86个国立大学法人以及人类文化研究机构、自然科学研究机构、高能加速器研究机构以及信息・系统研究机构等4个大学共同利用机关法人。
2012年7月1日，该省主管的特殊法人包括：日本私立学校振兴・共济事业团以及放送大学学园等2家法人。其中，放送大学学园是与总务省共管的。
上述机构在2008年12月1日的新公益法人制度施行后，全部变更为特例民法法人。
财政
2012年度（平成24年度）的普通会计期初预算为5兆4127亿5300万日元。按照内部组织划分，文部科学省本部预算为5兆3045亿200万日元（约占98%），文部科学省本部所辖机关预算为50亿5000万日元，文化厅预算为1032亿日元。本部预算中，义务教育费国库负担费为1兆5575亿2800万日元（在本部预算中占比为29.4%）以及国立大学法人运营费为1兆1366亿1200万日元（21.4%）。本部所辖机关指国立教育政策研究所、科学技术政策研究所、日本学士院等。
职员
2011年1月15日，普通在职人数为2247人（其中女职员为447人）。其中，本部有2002人（女性：388人）、文化厅有245人（女性：59人）。行政机关职员定额令规定的文部科学省定额为2204人（包含一名特别职务）。根据文部科学省定员规则规定，文部科学省本省的人数为1968人、文化厅则为236人。
文部科学省职员为普通的国家公务员，因此根据《国家公务员法》规定，不享有劳动基本权中的争议权和集体协商缔结权。但是团结权仍得到保障，职员有权组成国家公务员法规定的“职员团体”，也有权不加入（国公法第108条之2第3项）。2011年3月31日的时点，尚无在人事院登记备案的职员团体。2005年度以后，参加职员组织的人数比例百分比仍维持在个位数，到了2011年后完全降为0。之前曾有参加日本国家公务员劳动组合联合会的文部省职员劳动工会，但在2011年3月31日已解散。
历任大臣
| 代 | 姓名 | 内阁 | 就任日期 | 党派 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 町村信孝 | 第2次森改造内阁（再编后） | 2001年（平成13年）1月6日 | 自由民主党（森派） |
| 2 | 远山敦子 | 第1次小泉内阁第1次小泉第1次改造内阁 | 2001年（平成13年）4月26日 | 民间 |
| 3 | 河村建夫 | 第1次小泉第2次改造内阁 | 2003年（平成15年）9月22日 | 自由民主党（江藤、龟井派） |
| 4 | 第2次小泉内阁 | 2003年（平成15年）11月19日 | 自由民主党（龟井派） | |
| 5 | 中山成彬 | 第2次小泉改造内阁 | 2004年（平成16年）9月27日 | 自由民主党（森派） |
| 6 | 第3次小泉内阁 | 2005年（平成17年）9月21日 | ||
| 7 | 小阪宪次 | 第3次小泉改造内阁 | 2005年（平成17年）10月31日 | 自由民主党（旧桥本派） |
| 8 | 伊吹文明 | 第1次安倍内阁第1次安倍改造内阁 | 2006年（平成18年）9月26日 | 自由民主党（伊吹派） |
| 9 | 渡海纪三朗 | 福田康夫内阁 | 2007年（平成19年）9月26日 | 自由民主党（山崎派） |
| 10 | 铃木恆夫 | 福田康夫改造内阁 | 2008年（平成20年）8月2日 | 自由民主党（麻生派） |
| 11 | 盐谷立 | 麻生内阁 | 2008年（平成20年）9月24日 | 自由民主党（町村派） |
| 12 | 川端达夫 | 鸠山由纪夫内阁 | 2009年（平成21年）9月16日 | 民主党（川端集团、旧民社集团） |
| 13 | 菅内阁 | 2010年（平成22年）6月8日 | ||
| 14 | 高木义明 | 第1次菅改造内阁第2次菅改造内阁 | 2010年（平成22年）9月17日 | 民主党（旧民社集团） |
| 15 | 中川正春 | 野田内阁 | 2011年（平成23年）9月2日 | 民主党（羽田集团） |
| 16 | 平野博文 | 第1次野田改造内阁第2次野田改造内阁 | 2012年（平成24年）1月13日 | 民主党（鸠山集团） |
| 17 | 田中真纪子 | 第3次野田改造内阁 | 2012年（平成24年）10月1日 | 民主党（小泽集团） |
| 18 | 下村博文 | 第2次安倍内阁 | 2012年（平成24年）10月26日 | 自由民主党（町村派） |
| 19 | 第3次安倍内阁 | 2014年（平成26年）12月24日 | ||
| 20 | 驰浩 | 第3次安倍改造内阁 | 2015年（平成27年）10月7日 | 自由民主党（细田派） |
| 21 | 松野博一 | 第3次安倍第2次改造内阁 | 2016年（平成28年）8月3日 | |
| 22 | 林芳正 | 第3次安倍第3次改造内阁 | 2017年（平成29年）8月3日 | 自由民主党（岸田派） |
| 23 | 第4次安倍内阁 | 2017年（平成29年）11月1日 | ||
| 24 | 柴山昌彦 | 第4次安倍改造内阁 | 2018年（平成30年）10月2日 | 自由民主党（细田派） |
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