乾隆六年(1741)巡抚朱定元倡捐修葺。十三年巡抚準太经理该院，制定《训课条规》，提出为学莫先于立志，为学莫要于寡慾，为学当敦实行，为学当秉虚衷，为学当勤讲读，为学当慎交等要求。学者沈起元、翰林院编修匡源，曾在院讲学。嘉庆九年(1804)巡抚铁保、道光八年(1828)巡抚琦善先后共得捐白银15200两，又经铁保及二十一年(1841)巡抚托浑布、光绪二十二年(1896)巡抚李秉衡3次重修，经费充裕，藏书丰富，斋舍宽敞，成为清代山东规模最大之书院。后巡抚袁世凯奏準改为山东高等大学堂。
光绪二十七年(1901)直隶总督兼山东巡抚袁世凯改为山东高等大学堂。二十八年更名山东高等学堂。二十九年高等学堂迁出，以所属师範馆建成山东全省师範学堂。
