对应系列
游戏
神奇宝贝金银版
神奇宝贝水晶版
神奇宝贝竞技场金银
任天堂明星大乱斗DX
动画
神奇宝贝无印篇
结晶塔的帝王 炎帝
皮丘与皮卡丘
雪拉比穿梭时空的相遇
皮卡丘心跳捉迷藏
水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯
皮卡皮卡的星空露营
漫画
神奇宝贝特别篇第三章
特点
对应的游戏世界为城都地区。
故事发生在第一世代的三年后。
新增了100只怪兽，怪兽总数达到251只。
新增了86个技能，技能总数达到251个。
新增钢、恶两种属性。
小磁怪与三磁怪的属性由纯电变更为电+钢。
技能属性改变: 空手刀由普通变为格斗属性。 起风由普通变为飞行属性。 扔沙由普通变为地面属性。 啃咬由普通变为恶属性。
属性相克表改变: 毒对虫的伤害由翻倍变为正常。 虫对毒的伤害由翻倍变为减半。 虫对鬼的伤害由正常变为减半。 鬼对超的伤害由无效变为翻倍。 冰对火的伤害由正常变为减半。
首次出现拥有不同形态的怪兽未知图腾。
闪光怪兽系统出现。
口袋妖怪病毒系统出现。
天气要素出现。
完善的亲密度系统出现。
怪兽出现性别差异。
生蛋系统出现。
怪兽的特殊能力值被详细分为特攻与特防。
怪兽可以在对战中携带道具。
增加全地图游走的精灵。
细节
官方并没有第几世代的称呼，第几世代是神奇宝贝的爱好者之间互相讨论时所使用的词。在中国一般以金银水晶(GSC)、金属世代、或者251时代来指代第二世代。
第二世代的第一个作品虽然是1999年发售的，但是在1997年神奇宝贝动画开播的第一集中，就出现了凤王的影像。这被视为是第二世代发售的暗示。
最初这个世代被设定为第一世代的剧情上的续集，与第一世代不仅联盟共用，而且在剧情上也是沿袭方式，这与之后的神奇宝贝主系列游戏不同，更像是传统RPG游戏的设定。
本作从原来的151个精灵增加到251个。地图和剧情也都是全新的。游戏设定在第一代的4年后，在成都地区冒险后则要到达4年后的前作舞台关东地区，最后与前作主角一较高下，巨大的双地图使得本作至今都被不少玩家喻为口袋妖怪最高作，其原因和丰富的游戏系统是分不开的，真即时间的加入也让玩家有了更大的代入感。两个版本的口袋妖怪样子都不同，在联动方面不仅两个版本可以联动，还可以利用时间胶囊和前作联动。2000年，加强版-水晶发售，在精灵出场时增加了动画，口袋游戏裏第一次可以选择女主角，部分地图有了变化，并且选取了人气最高的水君製作了全新的剧情，并且可以和当时很流行的日本手机拨号联动对战。
