东汉汉灵帝中平五年（188年）后，州成为正式的一级行政区域，依据后汉书记载，荆州辖有南阳（河南西南）、南郡（湖北西部）、江夏（湖北东部）、长沙（湖南东北）、桂阳（湖南东南）、武陵（湖南西北）、零陵（湖南西南）七郡。州治所一直到东汉汉献帝时刘表领荆州牧以前都在汉寿县（武陵郡辖，今常德市汉寿县），后因荆南地区黄巾贼余孽尚未退去才将治所移到当时已经相当繁荣的南郡襄阳城（今湖北襄阳市）。
208年赤壁之战后，原先短暂领有荆州的曹操只保住了荆州北部南阳郡、江夏郡与南郡的一部分，而中南部被孙刘联军占据。曹操之后从南郡、南阳郡中分出襄阳郡、南乡郡，荆州成为三分割据的局面：南郡、零陵、武陵归刘备，江夏、桂阳、长沙归孙权，南阳、襄阳、南乡归曹操[1]。一般认为这阶段三家各占三郡的局面是“荆襄九郡”一词的来源。
219年，荆州牧刘备的守将关羽被东吴、曹魏联军击败，在随后的夷陵之战中刘备又败于孙权势力后，蜀汉再无力夺回原有荆州辖权，荆州成为由曹魏与孙吴两家分领的局面。
三国的曹魏荆州，治所在南阳郡新野，下辖南阳郡、江夏郡（长江以北）、襄阳郡、南乡郡、新城郡、上庸郡、魏兴郡等共七郡。三国的孙吴荆州，治所在南郡的江陵，下辖南郡、江夏郡（长江以南）、长沙郡、湘东郡、桂阳郡、临贺郡、零陵郡、衡阳郡、武陵郡、建平郡、宜都郡等共十一郡。
西晋时期，荆州治所在襄阳，下辖23个郡国，北魏太和二十一年（497年）于穰县（今河南邓州市）置荆州，辖8郡。
南北朝时期，州的数量增多，地域缩小，刘宋设有荆州，治所在襄阳（今湖北襄阳），萧齐改治所为南郡，另设雍州，治所在襄阳宁蛮府（湖北襄阳）。而北魏设荆州和东荆州，治所分别在山北（河南鲁山）和泚阳东陵镇（河南泚阳）。
