游戏剧情
击败四天王后，N的城堡从地下升起，附着在口袋妖怪联盟的建筑上。根据等离子团队员的描述，这个城堡在多年前就开始暗中建设了，而且是奴役那些从其他训练家手中抢来的口袋妖怪。
主人公进入第一层的时候，会被七贤人中的六人挡住前进的道路，这时道馆训练家突然出现(天桐、伯特和寇恩并未出现，因为白露通知到他们的时候，事件已经结束了)，主人公得以继续前进。
在二层，黑暗三人组出现，把主人公带到了一间屋子裏。那裏有两个女人在等着主人公，她们自称是平和与爱之女神，爱的女神恢复了主人公的队伍，平和女神向主人公讲述了N小时候的故事。三楼有一台个人电脑，可以让主人公调整队伍，在同一间屋子裏，一个科学家提到等离子队现在甚至可以通过口袋妖怪暂存系统进入别的训练家的个人电脑。其它房间裏分布着等离子队队员，但是不会与之对战，他们在庆祝胜利或者考虑与它们的口袋妖怪道别。N儿时的房间在4楼。
在与N的最终战斗之前，主人公持有的明石或暗石会变成另外一只龙，玩家必须要在此捕获它。
击败N后，计画受挫的傀奇士露出了幕后黑手的本来面目，为了打倒主人公而发起战斗。
N的房间
N的城堡内的要素之一，N自己的世界，由于有着与宏伟的最终战役格格不入的微妙气氛而有着相当大的沖击力。许多玩家进入这个房间时内心都会涌上一股复杂的情感。
N的房间包括:
没有书与电视，甚至没有窗。 有着与N的年龄不相符的玩具。 有着口袋妖怪的抓痕。 画着几何学图形的画。 插在艺术画上的飞镖。 放在地上的篮球有使用过的痕迹，但篮筐上却摆着火车。 放在轮胎上的滑板。 满是新玩具的玩具箱。 因为障碍而只得来回运动的玩具火车。 围绕着一根轴旋转的飞机。 可以捡到神奇糖果。
这些摆设可能含有一下暗示:
没有书、电视、窗:象征无法与外界交流的封闭
口袋妖怪的抓痕:可能以前在这裏有口袋妖怪被残忍对待过，也促使了N的性格变化
围绕一根轴转的飞机和来回运动的火车:代表N的过去就是被拘束着，无法脱离原地打转
但在两年后的BW2世界中，火车离开了轨道，证明N也随之解脱了
艺术画上的飞镖:艺术画本是给人欣赏的，可却被插上飞镖，代表N的扭曲心理
神奇糖果:代表了N作为"王者"对"臣民"的忧愁以至于吃不下东西(另一个说法是N的童年就像是被归为葯物一类又能加速等级提升的神奇糖果一样催熟的)
整体氛围:明明是最终大战的地方，但是这裏的气氛单纯天真到一种莫名其妙的恐怖，可能暗示N就像这个房间一样闭关锁国，无法感知外界的变化，只能孤单地按着自己的节奏长大
其他重要房间
爱之女神与和平之女神出现在二楼右数第二间房间，她们可以为主人公回复体力，并告诉主人公N小时候的事情。 三楼右数第一间房间中可以使用箱子系统 三楼右数第三间房间中的等离子队成员可以利用瞬间移动使主人公在N的城堡与口袋妖怪联盟间自由移动。
